Xã Ngọc Khê nằm ở phía đông bắc huyện Trùng Khánh, có vị trí địa lý:

• Phía đông giáp xã Đình Phong
• Phía tây giáp xã Phong Nặm
• Phía nam giáp xã Khâm Thành và xã Phong Châu
• Phía bắc giáp Trung Quốc và xã Ngọc Côn.

Xã Ngọc Khê có diện tích 28,10 km2, dân số năm 2007 là 2.695 người, mật độ dân số đạt 96 người/km2.[1]

Tỉnh lộ 213 chạy qua xã. Trên địa bàn xã Ngọc Khê có núi Giang Mũ và núi Lũng Đắc, có sông Quây Sơn chảy trên địa bàn. Trên địa bàn xã còn có thắng cảnh hang Ngườm Hoài.